Alterne vicende hanno accompagnato la vita millenaria della Badia e delle sue numerose proprietà: convento benedettino fino al 1408, poi Commenda, cioè  beneficio con rendita del ricco patrimonio terriero a favore di personaggi illustri, tra i quali Ludovico Beccadelli, cui è dedicata la decorazione dell’altare maggiore. 

Nel 1586 passò al Collegio Montalto di Bologna; nel 1797, a seguito delle soppressioni napoleoniche, divenne proprietà privata delle famiglie Castelli, Nicoletti ed infine Mainoldi che nel 2000 donò la chiesa al Comune di Monte San Pietro.

 Nel 2005 l’edificio è stato completamente restaurato  con i fondi dei Programmi di sviluppo rurale (PSR 2007-2013 - Misura 313  e PSR 2007-2013 - Misura 322).

I lavori che hanno interessato il consolidamento della struttura, il rifacimento del tetto e del pavimento,  hanno portato alla luce una serie di affreschi, rimasti  a lungo nascosti da successive imbiancature, che documentano momenti inediti della storia del monumento.

L’Amministrazione Comunale ha deciso di  collocare all’interno della chiesa IL MUSEO DELLA BADIA DEL LAVINO che vuole essere un punto di partenza per la conoscenza della chiesa e  delle principali caratteristiche del territorio.

Lungo le pareti le vetrine custodiscono attrezzi di lavoro legati alle produzioni agricole tipiche del territorio collinare, donati in larga parte dall’Associazione della Pruvena. 

Le caratteristiche dell’edificio e dell’allestimento consentono un molteplice uso dello spazio che può essere utilizzato per la realizzazione di mostre, convegni, concerti.